Das Fundus Theater wurde im September 1997 in den ehemaligen Fabrikräumen einer Kaffee- und Tabakrösterei eröffnet. Die Schirmherrin Angelika Jahr gestaltete mit "Schöner Wohnen" das Foyer, in dem insbesondere der erhaltene alte Fabrikschornstein Lieblingstreffpunkt der kleinen Besucher*innen geworden ist. Die Lust der Kinder, Fragen zu stellen wird dort durch die Verbindung zwischen Schauspiel und Puppentheater erhalten und gefördert Denn die Gründerinnen des Kindertheaters - Sylvia Deinert und Tine Krieg - wollen Kindern Orientierungen im Alltag geben, aber auch in besonderen Lebenssituationen. Mit den Mitteln des Figurentheaters wird u.a. versucht, in Bildern auch Themen aufzunehmen wie das Verlassen werden, die Scheidung der Eltern oder Missbrauch an Kindern, die die Kinder „lesen“ können.
Im April 1980 begann das Fundus Theater als Tourneetheater. 1993 bezog die Theatergruppe eine eigene Probebühne, und im September 1997 öffnete das Kindertheater Räume an diesem Standort in Hamburg-Eilbek für sein Publikum. Uraufführungen und Eigenproduktionen des Fundus Theaters, Vorstellungen Hamburger Gruppen sowie weitere Gastspiele werden seitdem dort angeboten.
Hervorragend ist die Idee, ein bundesweit einziges Forschungstheater auf die Kinderbühne zu bringen. In dem „szenischen Labor“ erforschen Kinder Fragen zur Kindheit und hinterfragen in Zusammenarbeit mit Künstler*innen und Wissenschaftler*innen Themen aus deren Fachbereichen - natürlich aus Sicht der Kinder.
Im September 2011 wurde aus der Programmsparte ein echtes Theater: Das Fundus Teater eröffnete den bundesweit ersten Laborraum, der ganz der Forschung zwischen Kindheit, Kunst und Wissenschaft gehören soll. Die Stücke, die das Privatheater entwickelt, richten sich an Kinder zwischen drei und zwölf Jahren. Das Theater ist besonders dafür bekannt, dass es mit Spielformen experimentiert und zu neuen Verbindungen zwischen Figurentheater und Schauspiel findet.
Auf der Bühne präsentieren ebenfalls ausgesuchte mobile Kindertheater-Gruppen Hamburgs ihre neuesten Inszenierungen. Das Fundus Theater ist als Premierentheater auch ein zentraler Ort für den kollegialen Austausch. Jährlich im Herbst findet hier das Festival Hamburger Kindertheater statt.
Im Programm Forschungstheater (ausgezeichnet mit dem Bundespreis für Kulturelle Bildung 2012) begegnen Kinder, KünstlerInnen und WissenschaftlerInnen einander als Forschende. Das Team des Forschungstheaters entwirft und realisiert Forschungsprojekte, die den Beteiligten ermöglichen, sich wechselseitig zu inspirieren und mit je eigenem Schwerpunkt auf Augenhöhe zu kooperieren. Die Forschung setzt häufig bei aktuellen gesellschaftlichen Phänomene und Problemen an und untersucht sie aus der Perspektive des Imaginären.
Im September 2022 erfolgte der Umzug von Hasselbrookstr. 25 in Eilbek nach Hamm.